in 1315 begon men met de bouw van de toren. In 1325 begon men met de noordelijke zijbeuk, terwijl omstreeks 1400 met de bouw van het priesterkoor en de crypte werd begonnen. Aan de noordzijde werd vervolgens de Onze-Lieve-Vrouwekapel gebouwd, waarna men het het zuidertransept begon.
In 1420 werd, in het kader van de Hoekse en Kabeljauwse twisten, de stad door de Dordtenaren in brand gestoken, waarbij ook de kerk zwaar beschadigd werd. De crypte werd nimmer voltooid en de stenen gewelven werden door houten tongewelven vervangen. De zuidarm van het transept werd in 1439 voltooid en de toren in 1447, terwijl de noordarm en de noordbeuk respectievelijk omstreeks 1500 en omstreeks 1539 werden voltooid.
Nieuwe beschadigingen volgden tijdens de Tachtigjarige Oorlog. Bij de inname in 1593 door Prins Maurits werd de toren gedeeltelijk verwoest en ook de latere belegeringen door de Fransen lieten de kerk niet onbeschadigd. Pas in 1768 werd de toren definitief hersteld. Een ingrijpende restauratie vond plaats van 1955-1990. Toen werd ook de crypte weer uitgegraven.
Uit oude documenten blijkt dat de abdij van Thorn bepaalde rechten had in Geertruidenberg. In 1310 werd de kerk op verzoek van de abdis van Thorn door Theobald, prinsbisschop van Luik, tot kapittelkerk verheven.
De eerste predikant in Geertruidenberg trad aan in 1574. De reeks van predikanten vertoonde echter een hiaat omdat de Spanjaarden de stad weer in bezit namen. Vanaf 1593 werd de kerk definitief Hervormd, later Pr